История Художественного музея начинается c 4 апреля 2004 года, когда на базе Общественного фонда и галереи «Артэтаж» был создан Музей современного искусства «Артэтаж-ДВГТУ». 21 января 2006 года музей впервые открыл свои двери для посетителей в помещении на улице Аксаковской.
В 2012 году Музей современного искусства «Артэтаж-ДВГТУ» вошел в состав Дальневосточного федерального университета. С января 2015 года на базе Художественного работает Центр современного искусства «СОЛЬ».
В 2017 году Художественный музей переехал в историческое здание на улице Пушкинской, построенное по проекту архитектора Андрея Гвоздиковского в 1899 гг. и являющееся памятником культурного наследия регионального значения. В начале прошлого века здесь располагался Восточный институт и мужская гимназия. До создания Дальневосточного федерального университета сооружение и прилегающие к нему корпуса занимал ДВГТУ. В настоящий момент помимо музея в этом здании находится Инженерная школа ДВФУ. Общая площадь помещения музея составляет 320,94 м2.
Программа развития Художественного музея ДВФУ предусматривает создание на новой площадке современного музейно-выставочного центра современного искусства, играющего важную роль в культурной жизни Азиатско-Тихоокеанского региона.