Был восстановлен в 1994г. по рекомендации Государственного Комитета РФ по высшему образованию в составе Дальневосточного государственного университета решением Ученого Совета. Краеведческий научно-исследовательский институт при Государственном Дальневосточном университете (ГДУ) существовал в 1924 – 1928 годах.
КНИИ является организационной, объединяющей структурой, которой отводится роль управления в научно-исследовательской деятельности Учебно-научного музея.
Основными направлениями деятельности КНИИ выбраны экологическая экспертиза состояния окружающей среды, лекарственные растения Дальнего Востока, археологические и этнографические исследования и экспертизы. Исследования проводятся в интересах администраций регионов и края, как это предполагалось при традиционном взгляде на деятельность КНИИ. На основе договорных контрактов так же проводятся исследования в интересах конкретных промышленных организаций. Это может быть как в Приморском крае, так и в различных регионах Дальнего Востока. Пример этому: работы на о. Сахалин по проекту нефтедобывающих организаций «Сахалин-2», работы по проекту «Нефтепровод Восточная Сибирь – Тихий океан» в Приморском крае, археологические исследования территории отводимой для строительства Приморского океанариума по заказу Управления делами при президенте РФ.
Для выполнения поставленных целей КНИИ имеет в своем составе следующие научные подразделения:
• Отдел археологических экспертиз, заведующий отделом Б.В. Лазин (отдел на условиях договоров подряда выполняет работы по археологической экспертизе территорий, на которых планируется хозяйственная деятельность – строительство, прокладка дорог или других технических сооружений и т.д.).
• Лаборатория лекарственных растений Дальнего Востока, заведующий лабораторией к.с.-х.н. А.И. Живчиков (выполняет исследования по использованию лекарственных растений в фиточаях разного назначения);
В перспективных планах работы КНИИ УНМ ДВФУ предполагается продолжение выполнения научных исследований по контрактам с «Сахалин-Энерджи» проект «Сахалин-2», организациями и предприятиями различной формы собственности Приморского края и Дальнего Востока.